长期肩关节痛的发病原因如下：

1、肩周炎：为最常见的原因，肩周炎自然发病过程为2年，会导致肩关节的局部疼痛、酸胀，甚至活动受限；

2、肿瘤：表现为长期肩关节疼痛，易误以为普通的肩周炎，在医院进行磁共振、胸部CT检查后，才发现由胸部肿瘤引起的肩关节疼痛。

因此，如果出现长期慢性肩关节疼痛，建议及时到医院进行检查。可明确肩关节疼痛的发病原因，切勿耽误病情，以免加重治疗难度。