肾动脉狭窄病因包括动脉硬化、高血压、免疫系统疾病、先天肌发育不良。免疫系统疾病和肌发育不良多见于年轻人或中年人，大部分为免疫系统问题。自身有免疫系统疾病，且血管壁成为免疫系统攻击对象，血管壁出现增生，导致肾动脉狭窄，如大动脉炎好发于青少年女性。高血压和动脉硬化，好发于中老年患者，会伴有全身动脉硬化。
在肾动脉表现为血管壁增生，血管狭窄，肾动脉供血减少。肾动脉狭窄和高血压互为因果，肾动脉狭窄可有高血压，高血压也可以引起肾动脉狭窄，二者相互作用。所以对于患者来说，如果40岁前发现高血压，一定要查肾动脉，排除肾动脉狭窄，因为较多年轻患者高血压由于肾动脉狭窄造成。
