与绝大多数儿童期癌症一样，横纹肌肉瘤的病因学和危险因素尚不明确，因此没有非常可靠的预防措施。流行病学研究显示，以下因素和横纹肌肉瘤发病率较高有一定关系：

1、宫内有过辐射暴露；

2、家庭经济地位较低，比较贫穷；

3、出生后很快使用抗生素；

4、妊娠期间使用过消遣性的药物等；

5、出生缺陷、早产可能和横纹肌肉瘤的风险增加有关；

6、部分遗传综合征也和横纹肌肉瘤相关，大多数横纹肌肉瘤为散发病例，没有任何规律，但7%-8%是由遗传综合征相关的癌症易感基因突变致病。