对于尖锐湿疣的治疗临床上主要以物理治疗为主，结合光动力治疗方法，其它药物治疗对防止特殊部位的复发有一定功效。治疗首选物理清除，物理清除包含手术切除治疗、电离子电刀治疗、二氧化碳激光治疗、冷冻治疗，均是以物理方法将尖锐湿疣疣体清除。

尖锐湿疣复发率较高，可能在50%-80%，需要对复发进行干预，有效治疗为光动力治疗，而非口服干扰素或者其它药物。即便使用光动力治疗，也只能将复发率降到1/10左右，并不能完全做到不复发。