对于癫痫患者伴发的精神障碍治疗，首先应合理运用抗癫痫药物治疗，对于原发疾病的治疗最为重要，积极控制癫痫的发作频度。但调节精神药物的作用可能有限，甚至某些抗精神病药物可以降低癫痫发作的阈值，诱发癫痫发作。所以在抗精神病药的使用过程中应该谨慎。如果患者表现严重情感障碍，如抑郁或妄想、焦虑等，在抗癫痫药物治疗的基础上加用相应药物，如抗抑郁剂、抗焦虑药，以帮助患者度过危险期。
近几年新型的抗癫痫药物不断推出。新型抗癫痫药物特点是在疗效确定的基础上，安全性更好，副反应更小，同时要合并治疗，药物之间的相互作用更小。而抗精神病药物，像奥氮平或氯氮平这类药物要谨慎使用，因为它们会降低癫痫发作阈值。