尿道下裂发病具有明显家族倾向，属于多基因遗传问题，如WT1基因、SF1基因、5α-还原酶基因，但具体目前尚未明确。约20%-25%病例存在家族聚集、遗传倾向，尿道下裂患者兄弟罹患此类疾病几率为正常人10倍左右，约8%尿道下裂患者，父代也存在尿道下裂。

14%尿道下裂患者兄弟也罹患尿道下裂，因此尿道下裂具有一定遗传、家族聚集倾向。同卵双生双胞胎或异卵双胞胎中，有时同时发现尿道下裂情况。