大多数肺栓塞能够治好，肺栓塞如尽早发现，经过系统规范的治疗，一般能够取得较好治疗效果。部分病人肺栓塞发现较晚，且治疗不规范，血栓不能得到有效吸收，引起慢性血栓栓塞性肺动脉高压，对心脏造成较大负担，从而引起心脏肥大的继发改变，甚至引起肺心病改变。

此时治疗手段包括，进行肺动脉血栓的剥脱，一般在大型医院可进行开展，对于远端小肺动脉的栓塞，可进行球囊扩张，可获得较好的临床治疗结果。