两性畸形手术后能否生育无法一概而论。两性畸形往往除外观异常外，可能有染色体、性腺或外生殖器异常。性别分男和女，当染色体、性腺和外生殖器相符合，或最终通过手术相符合时，患儿才会有生育功能。例如男孩子染色体为46XY，有睾丸、阴茎外观，以后才能谈生育问题。女孩染色体为46XX，有子宫和卵巢，且有女性外观阴道后，才能有生育功能。
当然除了染色体、性腺和生殖器相符后，还需要其它附属器官的功能正常。例如男孩睾丸需要良好的生精功能，可以产生精子，并且精子要通过输尿管排出体外，输精管功能良好，才能有正常的射精，并且最终有生育功能。女孩同样需有良好的卵巢功能可以排卵，并且有发育相对较好的子宫，后期可以受孕，也是最终能生育的基本条件。当然可能患儿在未来通过生殖技术发展，也可弥补结构上的畸形造成的不良因素。虽然结构上异常，也可能通过生殖技术发展有生育潜力。
