肛门有肉球很痛，出现这种情况时一定要进行鉴别诊断，常见原因有以下几种：

1、血栓性外痔，血栓性外痔会出现肛门有肉球隆起，然后有剧烈的疼痛，目前治疗血栓性外痔的办法，主要是中药熏洗和外敷药膏进行治疗；如果保守治疗方法无效，最后一步还是要进行手术切除来改善疼痛症状；

2、肛门直肠周围脓肿，其也会出现肉球疼痛情况，肛门直肠周围脓肿一旦形成，会出现剧烈疼痛，肛门局部会有红肿、热痛、隆起，一旦成脓，要及时切开排脓来改善疼痛症状；

3、如果肛瘘外口引流不畅、暂时封闭，会有脓血积聚在肛瘘外口，这样也会导致肛门旁边的肉球疼痛，这种情况也需要及时进行切开排脓，来改善疼痛症状。