CT在医学方面的应用非常广泛，其最大优点为密度分辨率高，相对于普通X线检查而言，其可以将组织结构更清晰地显示出来，能够区分出不同组织结构，而且能够减少因重叠而造成的容积效应，可以更好地显示普通X线射线不能显示的一些细节。人体所有的部位，从头颅、颈部、胸腹部、盆腔和四肢关节都可用CT来进行检查，甚至颅内垂体、耳蜗等一些细小组织器官都可用薄层CT扫描。
但做CT检查时，要求患者保持静止不动，做胸部和腹部扫描时甚至需要患者憋住气，避免呼吸运动所导致的运动伪影。对于婴幼儿、儿童以及躁动不安的患者，通常等患者入睡后再进行检查，必要时还要使用镇静剂帮助患者入睡。而人体心脏由于搏动较快，运动伪影较多，之前不可用CT进行检查。但随着多层CT和双源CT的发展和应用，CT机的扫描层厚越来越薄，扫描速度也越来越快，在一个心动周期内就可完成心脏冠脉的扫描。故只要患者能够在较短一段时间内保持静止不动，全身所有部位和器官都可通过CT进行检查。