查不孕不育的最佳时间要分男性和女性，具体如下：

1、女性：应查输卵管，要在月经干净后2-5天或来月经的第12天前查输卵管，即如果1号来月经，要在12号前查输卵管。且月经干净后2-5天和月经的第12天前不同房，没有性生活较重要，可做输卵管检查、白带检查，当天要查卵泡是不是正常排卵。在月经中期，如果是28天周期，即第14天排卵，应在第12天查排卵，12天左右就可以开始检查，不能等排卵后再检查，要在卵泡长得较大时检查；

2、男方：应查精液，先不同房3-7天，也就是大于7天排一次精，小于3天时要等待，在3-7天内精液质量最好的时候检查怀孕能力。