角膜移植术相对于其它眼科手术，恢复期相对要长，因为手术过程比较复杂。患者恢复期需注意严格按照医嘱点药，并且定期随访。因为角膜移植手术会发生排斥反应，所以激素跟免疫抑制剂的使用非常重要，至少要使用六个月时间，有的时候甚至使用两年时间。

定期随访也非常重要，按时随访便于医生早期发现是否发生了排斥反应，并且进行早期的介入治疗。另外术后早期，需注意用眼卫生，尽量避免感冒，因为感冒之后容易复发病毒性角膜炎，导致手术失败。