预防肛周脓肿复发，首先要做到彻底根治脓肿原发病灶，也称内口。如果不能准确找到肛周脓肿内口并且彻底把它切除，就存在复发的机会。肛周脓肿内口被感染的是肛窦部位，肛窦内存有被感染的肛腺，肛腺通往肛门周围组织，清除脓肿内口就是清除被感染的肛腺从而阻断肛周脓肿复发。

正确寻找引起肛周脓肿内口主要依靠有经验的医生指诊，相对B超可以起到辅助明确出口位置。患者术后保养也是防止复发的重要条件，应当注意少吃辛辣、辛发食品，保持大便软化，养成良好的生活习惯。