甲状腺微小乳头状癌预后较好，美国患者20年生存率在90%以上，我国经过正规甲状腺医生治疗的患者20年生存率也在90%以上，只有部分患者早期没有得到正规治疗，可能会影响到预后。但是全国总体甲状腺微小乳头状癌的20年生存可达80%以上。

而甲状腺微小乳头状癌术后需要长期口服优甲乐，即左甲状腺素钠片，进行甲状腺抑制治疗，目的是减少甲状腺癌复发概率。通常每半年复查1次，保持TSH低于正常值下限。