月经不调从原因上会分为两大类，即结构性改变引起的月经不调，还有非结构性改变引起的月经不调。结构性改变即子宫结构发生改变引起月经不调，包括子宫内膜息肉、子宫肌瘤、子宫腺肌症，甚至子宫内膜癌前病变或内膜癌，导致子宫结构发生改变后会出现月经量过多，或月经中期出血，甚至是月经本身周期规律性紊乱。还有宫腔粘连也会引起月经过少。因为结构改变引起的月经不调，会导致不孕，因为其结构改变，子宫腔形态也发生改变，所以会引起不孕甚至流产。腺肌症对胚胎也不利，引起不孕，甚至流产。
非结构性原因引起的月经不调，最主要的原因是排卵障碍引起的月经失调，包括多囊卵巢综合征、高泌乳素血症、甲状腺功能异常都可能会影响排卵，所以也会引起不孕或流产，对于怀孕也有影响。部分月经不调是因为血液系统疾病造成，如白血病、再生障碍性贫血会引起月经量增多，此时也是一种月经不调。若可以找到原发病，一定要治疗原发病以后再怀孕，否则也会引起贫血，不孕或容易流产。