根尖周病最彻底的治疗方法是根管治疗，90%的根尖周病可通过根管治疗方法治愈。一般无后遗症，但是如果前期不予治疗，可能会展成为骨坏死、根尖脓肿、瘘管、间隙感染，甚至坏死骨块形成脓肿。
根尖周病后遗症90%可治愈，只有10%因为进行正规治疗，所以会有并发症，并发症治疗较复杂，所以要行正规根管治疗。并发症不一定用药物治疗，可进行根管治疗或者根尖切除等手术治疗。