心脏房间隔缺损手术是目前比较成熟、相对安全的一种手术，后遗症的发生主要和手术过程、手术治疗时机有关。手术通常分为封堵术和修补手术，介入封堵术的并发症主要是封堵器脱落，造成出血、栓塞；或封堵器磨蚀、压迫周围组织，造成心律失常，以及患者可能会对封堵器的金属离子产生过敏。

房间隔缺损修补手术的并发症主要来自于体外循环，会出现神经系统损伤、心功能不全等。在手术操作过程中也可能会出现心律失常、残余分流等问题。

手术后遗症和患者手术治疗时机也有关系，如果手术治疗的时机偏晚，患者已经出现心脏增大、心功能不全等情况，或有严重的肺动脉高压，在手术治疗以后仍然可能会出现心律失常、心功能不全或者肺动脉高压的情况。