儿童系统性红斑狼疮的病因目前尚不明确，可能的原因如下：

1、有些儿童系统性红斑狼疮与遗传有关，母亲患有狼疮，孩子发病的几率明显比正常人高；

2、临床发现住院的狼疮病人经常存在狼疮家族史，或者不是狼疮的患者，其存在关节炎等风湿免疫性家族病史；

3、狼疮于女孩多见，在男孩中不是不会发生，但是没有女孩多见，有的人认为与性激素、性别有关；

4、有些人发现狼疮在感染后出现，是因为感染后引起免疫缺陷，从而引起狼疮，所以认为其与感染有关；

5、还有些先天性免疫缺陷的病人也发现存在狼疮综合征，这类患者病人更容易出现狼疮。

总之，狼疮病因并非十分明确。