结石引起肾萎缩，需进行规范性治疗，建议就诊于泌尿外科，进一步进行肾脏B超、肾脏CT、肾功能检查，必要时需进行肾穿刺造瘘、引流等评估肾功能状况。只有将结石处理，使梗阻的病因清除，肾脏功能才会逐步恢复，肾萎缩才会避免进一步加重。

处理结石的方式有多种，需根据是肾结石还是输尿管结石采用不同治疗方案。可以选择输尿管软镜钬激光碎石经皮肾镜手术等，只有将结石清除，肾脏积水才会缓解。同时应配合药物进行治疗，可使用改善肾脏灌注的药物，进而改善肾脏功能。