肾活检多数不痛。因肾活检需进行局麻后再做，做局麻时皆做的较精细，选最细的针进行逐层麻醉，这样患儿觉得疼痛较轻微，甚至感觉不到疼痛。由于麻醉较彻底，患儿在穿刺过程中无不舒服感，也无反抗感，甚至个别患儿可在睡眠中完成整个过程。
肾穿刺经验越来越丰富，争取做到无痛化、无痛苦，至少能做到疼痛非常轻微的操作方式。这样有很多患儿能接受此种检查方式，能够增加肾穿刺成功几率和依从性。
有少部分患儿术前有恐惧、有紧张，通过做一些思想工作后，逐渐消除顾虑。在做过程中，患儿基本上未感觉疼痛，做完后没有不舒服的感觉。