小儿衣原体感染高发年龄组是6个月以内的孩子，主要是3个月左右的孩子，小儿衣原体感染后咳嗽的处理具体如下：

1、如果是轻微咳嗽，无需特殊处理，进行对症治疗即可，如保持新鲜空气，保证房间内空气流通，保持适宜的房间温度，进食营养丰富、易消化的食物，补充各种维生素、钙剂；

2、如果是重症咳嗽，就是百日咳这种持续成串的痉挛性咳嗽。如果不处理，会影响吃奶、睡眠，不利于病情康复。可加用镇静药物，如非那根，即异丙嗪，也可用鲁米那等口服药物，或者一些针剂来保证孩子充足的睡眠，以利于疾病康复。