隐睾手术最需要关注的后遗症为不育问题。睾丸为生育重要器官，隐睾小儿通常睾丸发育相对较差，而且睾丸在腹股沟管甚至腹腔内，导致生殖细胞在一定程度受到影响，需要尽早进行手术。患者最佳手术年龄为6个月到1岁，这个年龄段手术可以将生殖细胞受损风险降到最低。

如果超过这个年龄进行手术，需要关注术后后遗症情况。如青春期后睾丸是否发育好、大小是否正常、回声是否均匀，与对侧比是否相差较大。患者成年之后要监测精子质量、精子数量，结婚之后要检测生育功能问题。隐睾术后后遗症概率较低，但是需要隐睾小儿家长特别关注。