试管婴儿最容易发生流产的时段通常是怀孕前3个月，一代、二代试管婴儿是在精子和卵子受精后，挑选形态学评分优质的胚胎进行移植。但形态学评分优质并不代表胚胎染色体正常，而胚胎染色体不正常是怀孕早期流产最重要的原因，一般能占到早期流产病因的50%-60%，甚至更高。而在怀孕之后，由于并不能确定胚胎染色体正常，所以在怀孕前3个月的流产风险最高。

对于存在着纵隔子宫、单角子宫、子宫腺肌病、宫腔粘连等解剖结构异常的女性而言，孕中期流产的风险也会增加。另外，对于一部分存在着宫颈机能不全的患者，在早期一般不会出现流产，但中期可能会发生流产。如果患者存在免疫系统紊乱，比如抗磷脂综合征、系统性红斑狼疮、干燥综合征等，没有在风湿免疫科进行积极的干预，也会导致孕中期的流产风险增加。