肾结石感染可以用在尿路里浓度较高的抗生素，如头孢类、氧氟沙星类抗生素，对泌尿系感染效果比较好，而且对肾脏的损害也不大。如果应用对肾脏有损害的药物，可能会加重肾的损伤。肾结石除需服用消炎药以外，还要尽快解除尿路梗阻，可以用清热、利尿的中成药帮助结石排出，也有消炎作用。

肾结石通常只在梗阻的情况下堵住尿道，堵住输尿管引起肾积水，肾积水容易出现炎症，炎症又容易加重结石形成。所以结石、梗阻、积水通常相互促进，当积水达到一定程度排不出来，就容易诱发感染。