慢性咳嗽常见为咳嗽变异性哮喘，虽然患者表现为咳嗽，但本质是哮喘的特殊类型。对于上述患者的治疗需按哮喘处理，即吸入糖皮质激素合并长效β受体激动剂。咳嗽变异性哮喘与传统的哮喘相比，多数患者的用药时间相对较短。

对于胃食管反流导致的慢性咳嗽，患者经常会出现反酸、嗳气、打嗝、烧心等感觉。此类患者需到消化科进行胃镜来协助诊断，甚至检测食管中pH值高低。明确诊断后，患者可以应用奥美拉唑等质子泵抑制剂及吗丁啉等胃动力药进行治疗。若患者存在鼻后滴漏即上气道咳嗽综合征，也需对症处理，可使用抗组胺药进行治疗。