牙根发炎称为根尖周炎，是由于没能有效控制牙体牙髓疾病而进一步播散引发的疾病，最主要的治疗方式是做彻底的牙髓治疗。牙髓不能单纯依靠药物治疗，药物只是对症治疗并不是针对病因的根治性治疗。
牙根发炎主要的治疗方式是进行根管治疗，将已经出现细菌感染的牙髓组织彻底清除，然后再预备根管，通过填充材料充填好，可能还需要配合抗生素治疗。虽然病因在根管内，但是出现了根尖炎症，说明有一部分炎症已经在根管之外，因此要配合抗生素使用。逆行性根尖炎常由于牙周组织炎症导致，因此也要配合牙周系统性根治性治疗，才可以得到有效的治疗。牙齿根尖发炎，药物只是临时的对症处理，并不是治疗方式，通常选择广谱抗菌素以及甲硝唑等对抗厌氧菌感染的药物进行临时处理。
