颌骨囊肿手术不是大手术，可能出现后遗症主要如下：

1、神经损伤，上颌骨囊肿术后出现上牙槽神经、鼻腭神经、腭前神经损伤，导致唇腭部黏膜、牙龈感觉异常。下颌骨囊肿手术致下牙槽神经损伤，引起下唇麻木，下颌牙槽骨附近牙龈、黏膜感觉异常，但如果仅是神经刮伤，手术中没有切断神经，症状后期会慢慢恢复；

2、当囊肿波及到牙，即邻近牙，术后可能出现牙齿松动和脱落；

3、囊肿较大时，术后可能出现病理性骨折，外观性局部塌陷。

但颌骨囊肿术后的后遗症不一定出现，几率很小，而且通常都可以治疗和恢复。医生在手术中考虑及检查周全，可以避免手术并发症及后遗症。