真菌性角膜炎治疗方法属于综合治疗过程，需要及早发现真菌性角膜炎，在真菌性角膜炎较轻时及时能够控制，治疗通常需要数周到数月时间。如果真菌性角膜炎加重，造成角膜基质出现瘢痕及眼内扩散造成失明，治疗周期可加长甚至到数年。

部分患者真菌性角膜炎以后造成角膜瘢痕需要进行手术清除，此外真菌性角膜炎较容易往眼内扩散，如果治疗不及时会在眼内造成炎症，对眼部损伤加重。如及早发现真菌性角膜炎，可在数周或数月内控制病情。一旦错过时机，疗程可相应延长。