肺部真菌感染要分情况，看是确诊还是怀疑，如果只是怀疑，首先要去确诊，要找有技术力量的医院确诊，因为治疗用药时间比较长，且花费较多。如果没有确诊，要确诊是不是肺真菌病，如果确诊是肺真菌病，要确定是哪一种肺真菌病，最关键的是要及时治疗。针对病人免疫的情况，如激素、免疫抑制剂，要适当调整治疗方案。
如果纠正免疫力，还要另外加抗真菌的药。针对真菌种类不同，如真菌是念珠菌、隐球菌、马尔尼菲青霉菌或组织胞浆菌、皮炎芽生菌。根据感染的病原体不一样，用药不一样，因此要针对性用药，有时甚至需要呼吸内镜介入治疗，局部打药可能愈合更快。如果内科治疗效果不好，要求辅助外科手段、手术切除，如单纯曲霉结节或隐球菌结节，用药有禁忌，如果能手术，也可以将其切除。