输卵管妊娠最常见的病因首先是输卵管慢性炎症。精子通过宫腔、输卵管运送到输卵管壶腹部，输卵管伞端拾卵，卵子和精子在输卵管的壶腹部结合形成受精卵。受精卵正常情况下在输卵管正常的蠕动，从输卵管壶腹部向宫腔内移动，才能移动到宫腔里，着床在子宫肌壁上完成正常的受孕过程。输卵管有慢性炎症，输卵管运送过程当中会发生堵塞，停留在输卵管部位，发生宫外孕。不清洁性生活或者做很多次人流导致输卵管有慢性炎症，就会发生宫外孕，是比较常见的原因。

而功能性异常是激素水平的改变导致输卵管的蠕动变慢，卵子和精子在输卵管壶腹部结合之后不能把受精卵正常的运送到宫腔里面，所以导致宫外孕的发生。

输卵管慢性炎症，多数情况下是阴道的长期炎症上行感染，或者频繁的人流导致的子宫体炎、输卵管慢性炎症。