胆管跟肠道相连接，因此做胆管手术时可涉及肠道，且麻醉药物用量较多，因此患者术后肠道功能恢复较慢，出现腹胀情况较为常见。

胆管癌手术分为三大类，上段称之为肝门部胆管癌，手术需要切除肝脏；中间称为中段胆管癌，切除以后需要跟肠道重新做吻合；胆总管下段肿瘤需要做胆囊切除术，切除范围包括部分胃、十二指肠胆管下段、胰头、胰管，再用肠道将所有脏器连接起来。