慢性化脓性中耳炎如果是急性发作，可以适当口服甚至静滴抗生素，不宜一直全身应用抗生素。通常主张耳朵局部用药及耳浴或者滴药，只有当炎症出现急性发作或者并发症才会建议全身应用抗生素。

全身应用抗生素使用过多可导致耐药菌产生，以后再次发生这种急性发作时去用另外的抗生素，效果不好甚至没有效果，如肝肾功能损伤、胃肠道反应、皮疹等，这是持续使用抗生素常会引起的副作用。局部长期应用抗生素滴耳液还可以因为杀死正常菌群，导致条件致病菌生长，导致外耳道真菌感染，所以在使用抗生素时要慎重。