肛周脓肿和肛瘘这两个病，绝大部分是肛腺引起的感染，肛周脓肿属于感染早期、急性期，肛瘘多数属于炎症迁延期、慢性期，这两个手术在时机上有差别，所以手术方式也相对有差别。

肛周脓肿在急性炎症期，以切开引流排脓为主，根治的同时还要保留肛门的括约肌、肛门的功能。因为在急性期，局部炎症还没有机化，如果瞬间切开括约肌，会出现明显的收缩，造成肛门功能损伤。如果在内部处理，则要以挂线为主。对于前部的脓肿，也可以直接切开，但多数是不能缝合的刀口。

肛瘘是慢性炎症期，肛瘘手术可以选择的方式就比较多，常见的有肛瘘剔除、内口封堵、肛瘘栓，或者是肛瘘内口黏膜瓣推移，瘘管结扎，瘘管剔除之后，将肛门括约肌保留，也就是LIFT术(经括约肌间瘘管结扎术)。还有一些肛瘘挂线、肛瘘的切除。

因此，肛瘘手术的方式相对比较多，两个虽然都是根治性手术，但是处理起来还是有一些差别，不能完全混淆，但是本质就是把感染的原发灶清除掉。