眼角膜移植手术相比于全身其他器官移植手术，成功率最高，对于条件较好的病人，成功率在90%以上，比如圆锥角膜患者、角膜营养不良患者、感染或外伤导致角膜白斑的患者，相对角膜血管较少，角膜移植术后排斥、并发症发生的几率较低，所以成功率较高。

对于有些患者，比如眼表化学伤或热烧伤等较严重的患者，或全身的免疫相关性疾病引起角膜血管性瘢痕的患者，因为角膜血管较多，相对术后排斥几率较高。此外，全身的免疫性疾病，如类风湿关节炎，可能术后也易发生角膜溶解，相对移植成功率较低。