导致唇腭裂的原因较多，并不是都是遗传。致病因素主要归纳环境因素和遗传因素两大类，其中遗传因素占25%，环境因素、遗传因素以及环境与遗传因素相作用，不明原因的因素大概占75%。其中环境因素是最值得重视的问题，因为母体的环境与胎儿发育密切相关，而母体环境又受到诸多因素的影响，如生活环境中的物理污染、化学污染还有放射污染，以及母体的健康状况、生活习惯等，都会对唇腭裂的发生有影响。在受孕时的身体状态不佳、精神压力过大、孕妇的情绪不好、不良的生活习惯、营养不良、高龄怀孕等都可能导致唇腭裂发生，所以主要受环境因素和遗传因素的相互作用而导致。
