肛瘘的复杂程度非常不同，如果是较小的肛瘘，比如裂瘘或者皮下瘘治疗起来非常简单，做完手术以后患者可能1周左右可以完全恢复，因此进行一次手术可以得到根治。但是复杂的肛瘘可能由于感染延展到非常深的位置，比如可以发生到直肠环以上，而直肠环是控制排便的大闸门，如果进展到直肠环以上，肛瘘手术非常困难。
如果损伤直肠环，手术以后患者可能出现肛门失禁。如果对直肠环进行彻底的保护，可能对感染灶不能进行彻底的清除。另外由于瘘在皮下蔓延，也可能肛瘘的长度非常长，向下可以发展到大腿甚至于腘窝，向上可以发展到臀部甚至于后背，更远有报道说发展到颈部、上肢，都是从肛门感染蔓延导致。
所以肛瘘是否为大病也与治疗是否及时有关。如果不及时治疗，肛瘘可以从小病拖成非常严重的大病，甚至于严重至威胁生命，影响患者手术以后的生活质量。