宫颈上皮内肿瘤主要是由于人乳头瘤病毒，即HPV病毒导致。在没发现HPV病毒是主要致病因素之前，教科书上描述诱因主要为多生育、早生育、早发生性关系、宫颈炎症、慢性炎症，而这些都是易感因素，并不是病因。真正的病因是人乳头瘤病毒，即HPV病毒通过性生活方式进行传播，宫颈上皮细胞感染HPV病毒以后，病毒基因会整合到宫颈上皮的细胞核内，然后出现异常增生。此病毒会不停地生长、无限制生长，形成宫颈肿瘤。

HPV病毒分为多种亚型，并不是任何一种都会导致宫颈癌，HPV病毒分为宫颈低危组、高危组。低危组病毒多导致宫颈阴道性病，比如尖锐湿疣。如果是高危组病毒，则会导致宫颈癌。