肛瘘如果不能及时治疗会使病情反复发作，如果外口封闭炎症发生以后，可使炎症向肛周组织进一步扩散、进展、蔓延。肛瘘是感染性管道，如果不及时治疗会使小病变大，严重时会出现流脓、肛周瘙痒、局部疼痛，长期肛瘘反复炎症刺激存在恶变可能。因此肛瘘如果经久不治一般几年以后出现恶变可能。

肛瘘是肛肠疾病中常见感染性疾病，本身是一种炎症性疾病，属于良性病变，处理欠佳或不予处理会导致肛周脓肿反复发作。瘘管反复流脓，肛瘘反复肿痛、流脓时间越久病情越复杂，后期手术时创伤较大。因此如果患有肛瘘症状长期无法得到缓解，患者应该尽早到医院就医，咨询专业医生进行诊治以免延误病情。