肛门坠胀和胚胎停育没有直接相关性，肛门坠胀是很多疾病的表现。胚胎停育的时候，可能会出现类似于痛经的感觉，而且胚胎停育有时会自行排出，排出的时候刺激到子宫，引起子宫收缩。由于子宫与直肠紧挨，可能会刺激到直肠产生类似于肛门坠胀的感觉，但不是胚胎停育就一定会有肛门坠胀的感觉。

女性在盆腔内有一个最低的位置，称为子宫直肠窝即道格拉斯窝，是子宫和直肠之间有凹陷。如果盆腔内炎症渗出，或者盆腔内出血，或者盆腔内其他液体，在直立位的时候容易积存。而直肠窝后是直肠，液体过多积聚就会刺激直肠，产生肛门坠胀的感觉，但是无大便排出，即肛门坠胀感的来源。部分女性有直肠病变，也会产生肛门坠胀感。