功能性消化不良的发生与多种因素相关，如患者可能会有胃肠道动力障碍；患者可能会有胃排空延迟；患者可能会有内脏神经敏感性增高，又称为内脏高敏感；患者可能还合并有幽门螺杆菌感染；患者常常可能还合并有焦虑、抑郁情绪；另外，可能还会有其它因素如劳累、熬夜、工作压力特别大等，通常需要靠药物进行处理。

但如果患者能够管理好自己的情绪、压力、外界环境等因素，能够调整自己的心态，避免过度劳累、熬夜，保持心情愉快，部分功能性消化不良的患者症状在较长时间内可以得到缓解，或得到很大程度的改善。所以，功能性消化不良除药物治疗以外，患者自身因素也非常重要。