先天性心脏病病因至今尚未明确，目前临床认为因遗传与环境因素相互作用导致。遗传因素并非为先天性心脏病主要形成原因，且部分病例与环境因素关联较小，相对较明确的环境因素为风疹等病毒感染、酒精及药物滥用、杀虫剂或除草剂等化学物品接触。

而部分先天性心脏病病例具有地域及人种差异，如法洛四联症或右心室双出口疾病在亚洲人群较常见，而左心室发育不良综合征等左心梗阻问题则较为少见。