寰枕畸形是慢性进展性疾病，术后有些短期并发症，如刀口感染、区域性疼痛，比如上肢、下肢疼痛，都可能出现。但是该病有远期并发症，随着疾病进展，比如脊髓空洞可能更加增大，引起身体冷热感觉障碍，包括肌肉萎缩、肢体无力等，这主要是远期并发症。近期主要是手术相关并发症，刀口情况、整体情况，比如卧床并发症，肺炎、泌尿系感染等都可能出现。