清晨腹部疼痛需明确腹痛部位，较常见的是晨起空腹中上腹部疼痛，如果进餐后腹痛得到缓解，需考虑存在十二指肠疾病，即十二指肠炎症和十二指肠溃疡。这类疾病最显著特点是空腹痛，进餐后缓解，建议完善胃镜检查。如果不愿意完善胃镜检查，建议完善幽门螺杆菌检测，如碳13或碳14呼气试验等。
如果不是位于中上腹部，位于其它部位，需具体情况具体分析。部分人因存在晨起排便情况，肠道会进行工作，将大便传送到直肠，此时可能会出现肠道痉挛性疼痛，部位一般位于脐周或左下腹。随排便完成，腹痛得到缓解，代表肠道痉挛性疼痛，不一定存在器质性疾病。建议化验大便，如果大便正常，提示器质性疾病可能性较小。
