脑骨瘤也可认为是颅骨骨瘤，目前尚无研究证明导致颅骨骨瘤发生的原因，而对于肿瘤的病因，医学上也尚无明确答案。目前认为可能是由于物理因素，如颅骨经过撞击多年后出现骨瘤，也可能是由于食物因素、空气质量因素以及基因改变等导致肿瘤的发生。

肿瘤形成是人体内两类基因互搏的结果，即促进肿瘤生长的原癌基因以及抑癌基因。原癌基因与抑癌基因正常情况下在体内呈平衡状态，当原癌基因占上风而抑癌基因占下风时则可能会产生肿瘤，包括肺癌、胃癌、脑组织肿瘤以及颅骨骨瘤等。