三叉神经痛病因有多种，分为原发性和继发性。原发性三叉神经痛目前医学手段找不到具体原因，继发性三叉神经痛原因有很多，认为为血管压迫，因三叉神经和颅内后循环血管，比如椎动脉血管非常近，有研究发现当血管离神经很近时血管不停跳动，对神经造成脉冲式压迫引起三叉神经痛的发生。如果在临床上通过影像学手段做神经特殊影像能够确定，这种血管因素引起三叉神经痛，可通过外科手术方法治疗，从而解决病人痛苦。
其它原因也可引起三叉神经痛，比如三叉神经走行部位局部出现肿瘤压迫性病变，可造成三叉神经痛。局部蛛网膜粘连，还有三叉神经走行部位出现神经炎症，也可出现三叉神经痛症状。还有颅内炎症，比如多发性硬化等也可能出现三叉神经痛。
