肝内胆管结石的确切原因目前尚不明确，可能和以下因素相关，具体如下：

1、与不吃早餐、肥胖、缺乏运动、高胆固醇饮食等因素相关；

2、患者存在先天性胆管囊肿，包括先天性肝内胆管囊肿，和先天性肝外胆管囊肿，如果结石在肝内，则称为肝内胆管结石；

3、患者存在先天性胆管发育畸形；

4、胆道感染，如胆肠吻合后胆道感染。