子宫内膜异位症的病因尚不明确，目前有几种学说，包括子宫内膜种植学说、体腔上皮化生学说等，比较被认可的是子宫内膜种植学说。

子宫内膜种植学说指女性在来月经时，子宫内膜由于子宫收缩，通过输卵管进入腹腔，在子宫腔以外的地方进行种植。如果种植在卵巢上可形成卵巢子宫内膜异位症，即巧克力囊肿。种植在腹膜上形成盆腔子宫内膜异位症，有时还会种植在肠道上。

子宫内膜异位症会引起临床症状，造成女性不适如引起痛经。有时在卵巢上形成囊肿，出现压迫症状。盆腔子宫内膜异位症会造成不孕症，影响到女性身体健康，使女性生活质量下降。