先天性巨结肠的手术适应症如下：

1、合并有小肠结肠炎并不能控制者：若确诊为巨结肠，小肠结肠炎是巨结肠患者的特有并发症，术前、术中、术后都有可能发生；手术中如果并发小肠结肠炎，腹胀加重、感染加重，不行手术会导致生命危险；手术方式一般是结肠或者回肠末端的造瘘手术，经过抗感染，炎症控制之后改善小儿的情况，再做第二次巨结肠根治手术；

2、合并有营养不良、高热、贫血、腹胀者：巨结肠确诊之后2个月做手术最好，如果发病比较晚或者时间比较长，有营养不良、高热等并发症，可能是因为做手术较晚；经过确诊应及早做手术，改善小孩子的一般情况；

3、保守治疗无效者：经过结肠灌洗、洗肠做辅助排便仍不能缓解排便时，患者要尽早做手术；

4、复杂明显影响呼吸者需要急诊手术行造瘘或者确诊根治手术。