真菌性结膜炎发病叫罕见，且难以诊断，其症状与结膜炎特点类似，包括疼痛、怕光、流泪、异物感，伴有丝状分泌物。真菌性结膜炎的发生与机体免疫力低有关，因真菌在大自然中正常存在，免疫力低时角结膜上皮细胞出现缺损，可导致真菌性结膜炎或真菌性角膜炎。

此时应将眼睛表面分泌物进行培养，找到菌丝后才能确诊真菌性结膜炎，临床上较为少见。同时需要使用抗真菌药物，如纳他霉素、氟康唑眼药水。发生真菌性结膜炎时，通常合并自体感染，可能会出现皮癣、股癣、脚气等。