通常病人取痰液标本多采用咳痰的方法，即病人自咳。在自咳时标本会不可避免地经过病人的口腔和咽部，可被正常菌群污染。所以留取痰液标本之前，病人应该用无菌生理盐水漱口。通常建议病人多漱口几次，不要低于3次。而且漱口的时候尽量仰头漱口，这样效果更佳，也可以将咽部的定植菌去除，然后用力咳出深部的痰液。

病人应咳出深部的痰液，即感觉痰液从下呼吸道排出，切不可随意留唾液或鼻后分泌物进行痰液送检。有些病人不能够自主咳痰，如住院病人，建议护理人员用吸痰器进行吸痰并送检。